해당 폴더내에 .htaccess 파일을 만들어서 아래의 내용을 입력해 보세요. 

Options -ExecCGI
RemoveHandler .php .php3 .php4 .php5 .phtml .pl .cgi .htm .html
RemoveType .php .php3 .php4 .php5 .phtml .pl .cgi .htm .html
DefaultType application/octet-stream
<IfModule mod_php5.c>
    php_flag engine off
</IfModule>

Nginx

location ~ ^/download/.*.(phpd?|p?html?|pl|cgi) { 
    return 403; 
}